Một công cụ trực quan hóa phân tử mới có tên Daedalus đang thu hút sự quan tâm của các nhà sinh học cấu trúc như một giải pháp thay thế tiềm năng cho các phần mềm đã được thiết lập như PyMOL và ChimeraX . Phần mềm này hứa hẹn hiệu suất nhanh hơn và khả năng sử dụng dễ dàng hơn để xem protein và các phân tử nhỏ, nhưng những người dùng đầu tiên đang gặp phải một số trở ngại làm nổi bật những thách thức khi xâm nhập vào thị trường phần mềm khoa học chuyên biệt.
 |
|---|
| Giao diện repository GitHub cho Daedalus , hiển thị hoạt động và cập nhật gần đây trong việc phát triển công cụ trực quan hóa phân tử mới này |
Vấn đề cài đặt và tương thích nền tảng
Người dùng đang báo cáo các vấn đề biên dịch trên hệ thống Mac , đặc biệt là với các phụ thuộc bị thiếu và vấn đề tương thích SIMD (Single Instruction, Multiple Data) trên bộ xử lý ARM . Nhà phát triển đã thừa nhận những vấn đề này và đã đẩy các bản cập nhật để giải quyết xung đột phụ thuộc, mặc dù việc kiểm tra vẫn còn hạn chế trên các cấu hình phần cứng khác nhau. Người dùng Windows và Linux có thể tải xuống các tệp nhị phân được xây dựng sẵn, nhưng người dùng Mac phải biên dịch từ mã nguồn bằng ngôn ngữ lập trình Rust .
Yêu cầu cài đặt
- Windows/Linux: Tải xuống và chạy các tệp nhị phân đã được xây dựng sẵn
- Mac: Biên dịch từ mã nguồn sử dụng bộ công cụ Rust
- Linux: Bao gồm tập lệnh thiết lập GUI desktop tùy chọn
Các vấn đề chức năng cốt lõi nổi lên
Những người kiểm tra đầu tiên đã xác định các vấn đề khả năng sử dụng quan trọng có thể ngăn cản việc áp dụng trong quy trình làm việc chuyên nghiệp. Một số người dùng không thể mở các tệp PDB cục bộ mặc dù phần mềm có thể tải thành công các tệp từ cơ sở dữ liệu trực tuyến. Các điều khiển chuột cho chế độ camera tự do được báo cáo là không hoạt động đối với một số người dùng, điều này hạn chế nghiêm trọng khả năng xem chính của phần mềm. Những vấn đề chức năng cơ bản này cho thấy phần mềm có thể đã được phát hành trước khi kiểm tra kỹ lưỡng trên các cấu hình hệ thống khác nhau.
Thiếu tính năng hạn chế việc sử dụng chuyên nghiệp
Phần mềm hiện tại thiếu một số tính năng mà các nhà nghiên cứu coi là thiết yếu cho công việc hàng ngày. Chế độ xem cartoon để hiển thị cấu trúc thứ cấp của protein không có sẵn, và tùy chọn trực quan hóa bề mặt duy nhất sử dụng hệ thống kết xuất dựa trên điểm chậm. Giao diện đồ họa gặp khó khăn với các protein đa chuỗi, điều này phổ biến trong nghiên cứu sinh học cấu trúc.
Một phần lý do PyMol phổ biến là vì dễ dàng viết plugin bằng Python , mà nói thật thì gần gũi hơn nhiều với những gì mà nhiều nhà nghiên cứu cảm thấy thoải mái.
Các hạn chế hiện tại
- Chế độ xem cartoon (xoắn ốc và tấm) không khả dụng
- Chỉ có khả năng hiển thị bề mặt van der Waals dạng chấm (chậm)
- Các vấn đề giao diện người dùng với protein đa chuỗi
- Chức năng docking không hoạt động
- Không hỗ trợ plugin hoặc scripting
Cần có khả năng mở rộng và kịch bản
Việc thiếu hỗ trợ plugin và chức năng kịch bản đại diện cho một rào cản đáng kể đối với việc áp dụng. Các công cụ đã được thiết lập như PyMOL thành công một phần vì các nhà nghiên cứu có thể mở rộng chúng bằng các kịch bản Python tùy chỉnh cho các phân tích chuyên biệt. Người dùng đã bày tỏ sự quan tâm đến việc viết lại các kịch bản PyMOL hiện có bằng Rust , nhưng phần mềm hiện tại không cung cấp giao diện kịch bản hoặc chức năng dòng lệnh.
Khả năng phản hồi của nhà phát triển cho thấy triển vọng
Bất chấp những thách thức này, nhà phát triển đã thể hiện phản hồi nhanh chóng đối với phản hồi và báo cáo lỗi của người dùng. Các bản cập nhật giải quyết các vấn đề phụ thuộc và vấn đề tương thích đã được đẩy để giải quyết các khiếu nại cụ thể của người dùng. Nhà phát triển cũng đã thừa nhận nhu cầu về các sơ đồ màu tiêu chuẩn, kiến trúc plugin và khả năng kịch bản, cho thấy những tính năng này có thể xuất hiện trong các bản phát hành tương lai.
Phần mềm này đại diện cho một nỗ lực đầy tham vọng để hiện đại hóa các công cụ trực quan hóa phân tử, nhưng trạng thái hiện tại của nó tiết lộ sự phức tạp của việc tạo ra phần mềm khoa học chuyên nghiệp có thể cạnh tranh với các giải pháp đã được thiết lập được sử dụng trong nghiên cứu và công nghiệp.
Tham khảo: Daedalus molecular viewer